Il Dipartimento per gli Affari Europei assicura il raccordo con la Commissione europea e, a livello nazionale, il coordinamento delle Amministrazioni ed enti competenti a livello centrale, regionale e locale. Tale attività assicurata già nella fase di negoziazione del Regolamento 1724/18, prosegue ed è svolta con il supporto tecnico dell'Agenzia per l'Italia Digitale (AgID).

Sono tre le tipologie di soggetti coinvolti nella gestione dello Sportello:

• Commissione europea: governa, coordina e monitora l'attuazione del Regolamento;
• Dipartimento per gli Affari Europei: coordina, con il supporto tecnico di AgID, l'attuazione del Regolamento per l'Italia,
• Amministrazioni ed enti competenti che:
  - pubblicano informazioni di qualità sui propri siti web 
  - gestiscono i centri di assistenza e di risoluzione dei problemi
  - renderanno nel tempo disponibili alcune procedure interamente on line

Per dare impulso allo Sportello, la Commissione ha creato un Gruppo di Coordinatori nazionali composto da un rappresentante per ogni Stato Membro (per l'Italia, il Dipartimento per gli Affari Europei) e presieduto dalla Commissione stessa. Il Gruppo di Coordinatori nazionali opera seguendo un programma di lavoro annuale stabilito dalla Commissione ed è incaricato principalmente di:

• facilitare lo scambio e l'aggiornamento periodico delle migliori prassi
• assistere la Commissione nello sviluppo di soluzioni TIC comuni di supporto allo Sportello
• discutere il progetto di programma di lavoro annuale e assistere la Commissione nel monitoraggio dell'esecuzione del programma stesso
• favorire lo sviluppo e l'attuazione della promozione dello Sportello 

Il Dipartimento per gli Affari Europei riporta al Gruppo dei Coordinatori nazionali i risultati e le istanze delle Amministrazioni e degli enti italiani coinvolti. A tal fine, riunisce periodicamente i responsabili designati dalle Amministrazioni ed enti coinvolti intorno ad un Tavolo di Coordinamento Nazionale, all'interno del quale sono stati creati dei gruppi di lavoro informali settoriali.

L'Agenzia per l'Italia Digitale (AgID) sovrintende a tutti gli aspetti tecnici, fornendo assistenza e partecipa alle riunioni del Gruppo di Coordinatori nazionali della Commissione europea dedicate a tali aspetti.

Ai lavori del tavolo nazionale, oltre ad AgID, partecipano il Dipartimento per la Funzione Pubblica e il Dipartimento per la Transizione Digitale della Presidenza del Consiglio dei Ministri; il Ministero dell'Interno, il Ministero degli Affari Esteri e della Cooperazione Internazionale, il Ministero dell'Economia e delle Finanze, il Ministero della Giustizia, il Ministero delle Imprese e del Made in Italy, il Ministero delle Infrastrutture e della Mobilità Sostenibili, il Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali, il Ministero della Salute, il Ministero dell'Istruzione e del Merito, il Ministero dell'Università e della Ricerca, il Ministero della Transizione Ecologica, la Conferenza Stato-Regioni, la Conferenza delle Regioni e delle Province autonome, l'Associazione Nazionale Comuni italiani, l'Istituto Nazionale della Previdenza Sociale, l'Istituto Nazionale per l'Assicurazione contro gli Infortuni sul Lavoro, l'Agenzia Nazionale Politiche Attive Lavoro, Unioncamere, l'Agenzia delle Entrate, l'Agenzia delle Dogane e dei Monopoli, l'Autorità di Regolazione per Energia Reti e Ambiente, l'Autorità Nazionale Anticorruzione, l'Autorità per le Garanzie nelle Comunicazioni, il Centro Europeo Consumatori Italia (Ecc-Net Italia), il Consiglio Nazionale del Notariato, SACE Simest, l'Istituto per la Vigilanza sulle Assicurazioni, la Conferenza dei Rettori delle Università Italiane, l'Ente Nazionale per l'Aviazione Civile (ENAC).