El Departamento constituye la estructura que da apoyo al Presidente del Consejo de Ministros para la aplicación de las políticas generales y sectoriales de la Unión Europea. 

El Departamento dispone de tres Oficinas con nivel de dirección general y ocho servicios con nivel de dirección no general.

En lo alto de la estructura se encuentra el Jefe del Departamento.

Del Jefe del Departamento depende funcionalmente el Núcleo de Policía fiscal ("Guardia di finanza") para la represión del fraude a la Unión Europea.

Asimismo, pertenecen a este Departamento el Comité para la lucha contra el fraude a la Unión Europea (COLAF) y la Estructura de misión para los procedimientos de infracción de la normativa de la UE.